Trong những năm gần đây, tình hình hạn hán kéo dài trong mùa khô ở Khánh Hoà đã làm cho dòng chảy trên các dòng sông xuống rất thấp, vấn đề nuôi trồng thủy sản, tác động của thiên tai bão lũ, sạt lỡ đất và một số hoạt động phát triển kinh tế - xã hội ở các địa phương, là những điều kiện gây ô nhiễm nguồn nước sạch, đã và đang là mối nguy cơ ảnh hưởng nghiêm trọng đến đời sống sinh hoạt và phát triển kinh tế của cộng đồng dân cư vùng nông thôn ven biển Khánh Hoà, đặc biệt là việc cung cấp nước sạch cho sinh hoạt và vệ sinh môi trường.

Trên cơ sở tham khảo các tài liệu nghiên cứu của các nhà địa chất thủy văn, thủy văn học, có thể đánh giá bước đầu về nguyên nhân và bàn các giải pháp để phòng tránh ô nhiễm nguồn nước sạch, đồng thời làm cơ sở cho qui hoạch, định hướng bảo vệ, quản lý chất lượng tài nguyên nước trong tỉnh nói chung, cho các vùng nông thôn ven biển Khánh Hoà nói riêng.

    Các nguyên nhân gây ô nhiểm nguồn nước sạch ở vùng nông thôn ven biển

            - Xâm nhập mặn nước mặt: Xâm nhập mặn nước mặt chủ yếu xảy ra ngược theo các sông suối đổ ra biển vào mùa khô. Đối với các dòng sông ở Khánh Hoà, ranh giới mặn nhạt của nước sông thường tiến sâu về phía thượng lưu đến 8 - 10km, có nơi lớn hơn. Mức độ xâm nhập mặn phụ thuộc nhiều vào chế độ thủy triều và lượng dòng chảy trong mùa cạn. Năm có mùa khô kéo dài, dòng chảy cạn kiệt nhiều thì mức độ xâm nhập mặn lớn và ngược lại, năm có mưa nhiều thì mức độ xâm nhập mặn sâu vào thượng lưu càng nhỏ hơn.

            - Xâm nhập mặn nước dưới đất: Nguyên nhân nhiễm mặn nước dưới đất ở các khu vực cửa sông ven biển chủ yếu do xâm nhập mặn của nước biển theo sông, ngấm xuống các tầng chứa nước, một phần do hoạt động dân sinh như nuôi trồng thủy sản, xây đập ngăn ở thượng lưu.... Đối với các tầng chứa nước sâu thì nguyên nhân nhiễm mặn chủ yếu do mặn chôn vùi. Có thể nói, hiện nay quá trình xâm nhập mặn của nước biển vào các tầng chứa nước vùng ven biển, nhất là vùng có cửa sông lớn đã và đang diễn ra mạnh mẽ, rộng khắp. Vì vậy vấn đề này cần được đầu tư nghiên cứu để tìm các biện pháp hữu hiệu nhằm chế ngự quá trình này.

            - Ô nhiễm nguồn nước mặt: Ở các vùng ven biển Khánh Hoà, phần lớn nguồn nước cung cấp cho sinh hoạt, sản xuất kinh doanh chủ yếu được khai thác từ nguồn nước mặt, nguồn gây ô nhiễm cho nước mặt trên các sông chủ yếu do nước mặt hồi qui từ các ruộng sản xuất nông nghiệp, nguồn nước này thường đem theo dư lượng thuốc trừ sâu, trừ cỏ, phân hóa học hoặc phân hữu cơ, ngoài ra còn do các chất hữu cơ, vi sinh chủ yếu do chất thải rắn của cư dân ven sông, phế phẩm sau giết mổ, nước thải chưa qua xử lý, xả ra từ các cơ sở sản xuất công nghiệp...

             - Ô nhiễm nước dưới đất: Theo nhiều nguồn tài liệu cho thấy vùng ven biển Khánh Hoà có hiện tượng ô nhiễm Fluor, ô nhiễm sắt khá rõ nét. Nhiều công trình nghiên cứu tác hại của hàm lượng Fluor cao (trong nước ăn uống) cho thấy khi sử dụng nước có hàm lượng Fluor từ 1,5 - 2mg/l có thể gây ra các bệnh về răng như đốm răng, mục răng, chết răng, khi hàm lượng vượt quá 5mg/l thì thường xảy ra các bệnh như xơ cứng khớp, to khớp, liệt chi... Hiện tượng nhiễm Fluor diễn ra phổ biến ở huyện Ninh Hòa với 11 xã có nguồn nước ngầm bị nhiễm, hàm lượng phổ biến 2,5 - 3mg/l, thậm chí có nơi lên đến 9,4mg/l. Ngoài ra các huyện Vạn Ninh, Diên Khánh, Khánh Vĩnh, Cam Ranh cũng có hiện tượng ô nhiễm Fluor nhưng ở mức độ nhẹ hơn.

                                  Nguồn xả thải từ các cơ sở sản xuất công nghiệp